ポジティブリスト制度の仕組み
食品への農薬残留については、食品衛生法によって基準が設定されています。規制には、原則自由で、残留してはならないものをリスト化（ネガティブリスト）する考え方と、原則的にすべてを禁止にして、残留を認めるものをリスト化（ポジティブリスト）する考え方があります。
2003年の食品衛生法の改正により、2006年5月29日からポジティブリスト制度が導入されています。これは、従来のネガティブリスト制度では、残留基準が設定されていない農薬を規制することができないため、農産物の海外からの輸入が激増している近年では残留農薬による健康問題が懸念されてきたからです。
ポジティブリスト制度では、まず、残留基準の設定されている農薬については、その基準以内であれば作物への残留は認めます。そして、残留基準の設定されていない農薬の残留は原則禁止となります。
しかし、残留基準が設定されていない農薬の残留については「人の健康を損なうおそれのない量」（一律基準=0.01ppm）を設定し、それを超えた残留のある農産物の販売等を全面的に禁止するという対応をとっています。
これは健康に悪影響を及ぼすことのない無害な農薬が微量に残留しただけで違反となり、食品の流通が不必要に妨げられることを考慮してのことです。なお、天敵農薬と特定農薬はポジティブリスト制度の対象外です（対象外物質65物質を設定）。